Την απορρόφηση του Εκκλησιαστικού Λυκείου της Καβάλας από αυτό της Ξάνθης προβλέπει  απόφαση του Υπουργείου Παιδείας στο πλαίσιο αναδιάρθρωσης της εκκλησιαστικής εκπαίδευσης.

 Πιο συγκεκριμένα η απόφαση της υπουργού Άννας Διαμαντοπούλου προβλέπει την κατάργηση 2 και τη συγχώνευση 11 Εκκλησιαστικών Λυκείων της χώρας. Ανάμεσα σε αυτά, συγχωνεύονται το γενικό εκκλησιαστικό λύκειο Καβάλας που είχε έδρα τη Νέα Καρβάλη με το γενικό εκκλησιαστικό λύκειο Ξάνθης.  Έδρα του νέου Λυκείου ορίζεται η Ξάνθη, όπου ήδη λειτουργεί και το Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο. Εκτός από τις συγχωνεύσεις άη απόφαση προβλέπει επίσης και την κατάργηση των Λυκείων Καρπενησίου και Βόλου.

 Η εξέλιξη αυτή φαίνεται να προκαλεί την αντίδραση του Δημάρχου Καβάλας και του Μητροπολίτης Φιλίππων Νεαπόλεως και Θάσου που υποστηρίζουν ότι το εκεί Λύκειο διέθετε περισσότερους μαθητές και ότι η απόφαση ελήφθη ερήμην της τοπικής κοινωνίας. Όμως από την πλευρά της Ξάνθης υποστηρίζεται ότι η ιερατική σχολή της Ξάνθης λειτουργεί για πάνω από μισό αιώνα, εξυπηρετώντας διαχρονικά όλη την Περιφέρεια Α.Μ.Θ. ως το γεωγραφικό της κέντρο, ενώ διαθέτει μακρά παράδοση και εξαιρετικές εγκαταστάσεις.

 Οι αλλαγές θα ισχύσουν από την επόμενη σχολική χρονιά. Όσον αφορά τη μετεγγραφή των μαθητών, τη μετάθεση, μετάταξη, μετακίνηση ή ένταξη του εκπαιδευτικού και του διοικητικού προσωπικού, τη μεταφορά και παράδοση του μαθητικού αρχείου, την παράδοση της βιβλιοθήκης, των επίπλων, του επιστημονικού εξοπλισμού και των λοιπών ειδών των καταργούμενων ή συγχωνευόμενων κατά περίπτωση σχολείων, οι διαδικασίες προβλέπονται από την εν λόγω υπουργική απόφαση.